Chiến dịch tại Hy Lạp kết thúc với chiến thắng hoàn toàn của Đức. Người Anh không có các nguồn lực quân sự cần thiết tại Trung Đông để có thể tiến hành cùng lúc hai chiến dịch quy mô lớn tại Bắc Phi và Balkan. Ngoài ra, ngay cả khi có thể ngăn chặn được cuộc tiến công của Đức vào Hy Lạp, họ vẫn không thể tận dụng được tình thế bằng một chiến dịch phản công qua Balkan. Quân Anh chỉ có thể giữ được đảo Crete và có thể cả một số hòn đảo khác làm căn cứ không quân có giá trị rất quan trọng để yểm trợ cho các hoạt động hải quân phía đông Địa Trung Hải.

Trong nhiều nguyên nhân cho chiến thắng hoàn toàn của Đức tại Hy Lạp, những nhân tố sau đây đóng vai trò quan trọng nhất:

1. Ưu thế áp đảo của Đức về lực lượng trên bộ và trang bị;[121]
2. Quyền kiểm soát trên không của Đức cộng với sự bất lực của Hy Lạp trong việc cung cấp các sân bay cho Không quân Hoàng gia Anh;[122]
3. Sự yếu kém của đội quân viễn chinh Anh, do lực lượng hiện có thể huy động của Anh quá ít;[121]
4. Tình trạng yếu kém của quân đội Hy Lạp và sự thiếu thốn các trang thiết bị hiện đại;[122]
5. Tình trạng các bến cảng, đường bộ và đường xe lửa không phù hợp;[123]
6. Không có một bộ chỉ huy thống nhất và thiếu phối hợp giữa các lực lượng Anh, Hy Lạp và Nam Tư;[122]
7. Thái độ trung lập tuyệt đối của Thổ Nhĩ Kỳ;[122]
8. Sự suy sụp quá nhanh của cuộc kháng chiến tại Nam Tư.[122]

Sau thất bại của Đồng Minh, quyết định điều quân đến Hy Lạp đã gặp phải những chỉ trích gay gắt tại Anh. Alan Brooke, Tổng Tham mưu trưởng Đế quốc Anh trong Chiến tranh thế giới thứ hai, xem cuộc can thiệp tại Hy Lạp là "một sự ngớ ngẩn rõ rệt về chiến lược", vì nó đã lấy đi của tướng Wavell những nguồn lực cần thiết để hoàn thành cuộc chinh phục Libya thuộc Ý, hay chống trả cuộc tấn công của Quân đoàn châu Phi của tướng Erwin Rommel trong tháng 3. Do đó nó đã làm kéo dài thời gian của Mặt trận Bắc Phi, vốn đã có thể kết thúc thắng lợi ngay trong năm 1941.[124]

Năm 1947, Freddie de Guingand đã yêu cầu chính phủ Anh thừa nhận những sai lầm đã gây ra khi thực hiện chiến lược tại Hy Lạp.[125] Trái lại, Buckley đã lập luận rằng nếu nước Anh không tôn trọng cam kết năm 1939 là bảo vệ nền độc lập của Hy Lạp, thì đó sẽ là một đòn mạnh giáng vào uy tín của nó trong cuộc chiến chống lại Đức Quốc xã.[126] Theo giáo sư lịch sử Heinz Richter, Churchill đã cố gắng thông qua chiến dịch ở Hy Lạp để gây tác động đến áp lực chính trị tại Hoa Kỳ, và ông kiên quyết thực thi chiến lược này ngay cả sau thất bại.[127] Theo John Keegan, "chiến dịch Hy Lạp là một cuộc chiến tranh quý tộc lỗi thời, với những cam kết được cho và nhận bởi những đối thủ dũng cảm ở mỗi bên", và các lực lượng Hy Lạp và Đồng Minh, bị áp đảo nghiêm trọng về quân số, "đã có cảm nhận chính xác là được chiến đấu một cuộc chiến tuyệt vời."[85]

Freyberg và Blamey cũng đã thực sự nghi ngờ về tính khả thi của chiến dịch này, nhưng đã không thể khuyên chính phủ mình bởi điều kiện hạn chế và sự e dè của chính họ.[128] Chiến dịch cũng gây ra bất bình ở Úc, khi dư luận biết rằng tướng Blamey, khi nhận được cảnh báo đầu tiến về việc chuyển quân đến Hy Lạp trong ngày 18 tháng 2 năm 1941, đã tỏ ra lo ngại nhưng không báo cho chính phủ Úc. Tướng Wavell đã nói với ông rằng là Thủ tướng Úc Robert Menzies đã đồng ý với kế hoạch này.[129] Thực ra, đề xuất này đã được chấp nhận trong cuộc họp của Nội các Chiến tranh tại London mà Menzies có tham dự, nhưng vị thủ tướng Úc đã được Churchill báo là cả Freyberg lẫn Blamey đều chấp nhận cuộc viễn chinh.[130] Ngày 5 tháng 3, trong một lá thư gửi Menzies, Blamey đã viết rằng "rõ ràng, kế hoạch này là điều mà tôi lo sợ: việc chuyển quân rời rạc đến châu Âu", và đến hôm sau, ông gọi chiến dịch này là "mạo hiểm nhất". Tuy nhiên, vì nghĩ rằng ông ta đã đồng ý nên chính phủ Úc đã đưa Lực lượng Đế quốc Úc tham gia chiến dịch Hy Lạp.[131]

Năm 1942, các thành viên của Quốc hội Anh đã miêu tả chiến dịch tại Hy Lạp như là một "quyết định chính trị cảm tính". Anthony Eden đã bác bỏ những chỉ trích này và lập luận rằng quyết định của chính phủ Anh đã được nhất trí, và khẳng định Trận Hy Lạp đã làm hoãn cuộc tấn công của phe Trục vào Liên Xô.[132] Đây là một lập luận mà nhiều sử gia như Keegan cũng dùng để chứng minh rằng cuộc kháng cự của Hy Lạp có thể coi là một bước ngoặt của Chiến tranh thế giới thứ hai.[133] Theo nhà làm phim và bạn của Adolf Hitler là Leni Riefenstahl, Hitler đã nói rằng "nếu người Ý không tấn công Hy Lạp và cần đến sự giúp đỡ của chúng tôi, thì chiến tranh đã diễn ra theo một diễn biến khác. Chúng tôi có thể đến trước cái lạnh của nước Nga nhiều tuần lễ và chinh phục được Leningrad và Moscow. Sẽ không có Stalingrad".[134] Mặc dù bảo lưu quan điểm của mình nhưng Brooke dường như cũng thừa nhận rằng việc bắt đầu chiến dịch tấn công Liên Xô thực tế đã bị trì hoãn bởi chiến dịch Balkan.[124] John N. Bradley và Thomas B. Buell kết luận rằng "mặc dù không có phân đoạn nào của chiến dịch Balkan buộc Đức phải hoãn chiến dịch Barbarossa, nhưng rõ ràng là toàn bộ chiến dịch này đã khiến họ phải chờ đợi."[135] Ngược lại, Richter đã gọi lý lẽ của Eden là một hành động "xuyên tạc lịch sử".[136] Basil Liddell Hart và de Guingand khẳng định rằng, cho dù Chiến dịch Marita có gây cản trở cho cuộc tấn công của phe Trục vào Liên Xô đi nữa thì nó cũng không đủ để bào chữa cho quyết định của chính phủ Anh, vì đó không phải là mục tiêu chiến lược ban đầu của họ.[137] Năm 1952, Phân bộ Lịch sử của Văn phòng Nội các Anh (Historical Branch of the UK Cabinet Office) đã kết luận rằng chiến dịch Balkan không gây ảnh hưởng đến việc tiến hành Chiến dịch Barbarossa.[137] Theo Robert Kirchubel, "nguyên nhân chính của việc hoãn ngày bắt đầu Barbarossa từ 15 tháng 5 sang 22 tháng 6 là do công tác chuẩn bị hậu cần không đầy đủ, và mùa đông trước đó mưa gió bất thường làm cho sông suối ngập nước lũ đến tận cuối mùa xuân."[138]